L’ospedale è in piena funzione, sotto la direzione di un monaco amalfitano, alla data della conquista e della successiva costituzione del regno latino di Gerusalemme, retto da Goffredo di Buglione. Il monaco si chiama Gerardo de Sasso ed è in odore di santità per essere prodigiosamente scampato alla pena capitale, avendolo i mussulmani accusato di avere lanciato pane ai crociati affamati dalle mura durante l’assedio. La gente lo chiama beato Gerardo. Sarà lui ad istituzionalizzare la mansione di soccorso ai pellegrini costituendo una confraternita religiosa che si chiama Ordine ospitaliero di San Giovanni in Gerusalemme (1099).

Non basta però prendersi cura dei pellegrini; bisogna proteggerli dalla furia dei saraceni. Così, nel giro di venti anni, da uomini di carità e di fede quali erano, gli ospitalieri  diventano guerrieri. E’ il successore del beato Gerardo, fra’ Raimondo de Puy, secondo gran maestro, a trasformare l’ordine in un’organizzazione militare.

Considerate le loro origini, i cavalieri di San Giovanni adottano come insegna la croce amalfitana ad otto punte, che simbolizzano tra l’altro le beatitudini della fede. Lo stendardo è rosso, la croce bianca. I mantelli sono neri. Ben presto gli arabi, dopo averne conosciuto l’impeto in battaglia, li chiameranno con reverenziale timore gli “uomini neri”. La loro fama assume proporzioni leggendarie, al par di quella dei templari. E’ significativo che persino il Saladino, avversario generoso e leale, propenso a fare grazia della vita ai cristiani  catturati sul campo, poneva senza esitazione a morte ospitaleri e templari. Ne diede una crudele prova ad Hattin, dopo la disastrosa sconfitta crociata del 1187 facendone impalare o trucidare in altro modo oltre duecento.  

Il 1187 è l’anno tragico della caduta di Gerusalemme, che segna il primo decisivo rovesciamento di una situazione favorevole ai cristiani, che aveva permesso loro d’impadronirsi di territori sconfinati e inestimabili tesori. Gli Ospitaleri si sacrificheranno in massa per difendere le mura della Città della Pace, come la chiamano gli arabi. Ed anche fra’ Ruggero di Moulins, gran maestro dell’Ordine, cadrà combattendo contro le orde del Saladino. Non è il primo ne sarà l’ultimo dei principi Ospitaleri rimasti sul campo. L’illusione del Santo Sepolcro va sgretolandosi,  Gerusalemme sarà ripresa, poi definitivamente perduta nel 1244. Restano tuttavia da difendere gli altri  principati latini d’oltremare e le loro genti. Se il regno di Gerusalemme è caduto c’è ancora quello di Antiochia, i principati di Tiro e di Edessa, la contea di Tripoli, la fiorente Giaffa e il prezioso approdo di San Giovanni d’Acri. Gli ospitalieri  presidiano la smisurata frontiera, resistendo alla morsa mussulmana mediante sanguinose sortite da castelli che dominano i punti nevralgici del territorio.

Ma nel 1271 la più leggendaria di queste fortezze l’immenso Krak dei cavalieri, tenuto dagli ospitalieri, cade. La sua perdita e lo sterminio dell’intera guarnigione ospitaliera seminano il panico nella cristianità. I cavalieri di terrasanta sono sempre più soli, mentre la morsa mussulmana va irrimediabilmente stringendosi. Cadono Giaffa, Tripoli, Antiochia e la roccaforte di Margat, considerata imprendibile anch’essa. Poche centinaia di Ospitalieri, Templari e Teutonici, si arroccano ad Acri, sulla costa, unitamente ai Cavalieri di San Giovanni d'Acri e S. Tommaso, per permettere alla popolazione superstite d’imbarcarsi per l’Europa. Resistono oltre un mese contro centosessantamila saraceni provenienti dall’Egitto e dalla Siria, respingendo l’orda fino a quando l’ultima donna cristiana è in salvo sull’ultima nave. Nessuno dei difensori di Acri cade in mano al nemico. Ridotti  in poche decine, si raggruppano su di un’unica torre, che crolla sotto l’urto degli attaccanti seppellendoli insieme.

Il Gran Maestro degli Ospitalieri  Giovanni de Villiers è tra i superstiti imbarcati sulle navi perché feriti e inabili al combattimento. Porta le sue insegne a Cipro dove s’insedia provvisoriamente. Molti altri Cavalieri, invece, furono costretti a cercare rifugio nei Patriarcati Russi, e furono benevolmente accolti dalla Casa Granducale di Mosca e Kiev, dai principi Dobryniani Rurichidi.

Bastano pochi anni per riorganizzare l’Ordine a Cipro e renderlo pronto, sotto il profilo sia militare che spirituale, a riprendere la sua guerra contro l’Islam. Lo scenario non è più il deserto, non più le rocche dei valichi libanesi, ma il mare. La prima conquista degli ospitalieri tornati in armi è l’isola di Rodi, dove si stabiliscono in forze. Avvalendosi poi della consulenza di esperti architetti navali genovesi, approntano una flotta di agili galere, con le quali s’impossessano di Lero, Cos, Nisiro, Calchi, Limonia, Castelrosso e numerose altre isole dell’Egeo.

Le fortune dei Cavalieri di San Giovanni, divenuti ora di Rodi, sono da questo momento affidate al mare, sia per quanto riguarda i commerci che per quella che rimane la loro crociata permanente, rivolta soprattutto a contrastare la marineria turca e la pirateria barbaresca. L’Ordine può a tutti gli effetti considerarsi, in questa fase della sua storia, una  re-pubblica marinara aristocratica, ai cavalieri erano richiesti quattro quarti di nobiltà, in certi casi dodici,su modello genovese o veneziano. Con una connotazione multinazionale in più, poiché riunisce gentiluomini provenienti da ogni paese dell’occidente cristiano, raggruppandoli per evidenti ragioni di praticità in otto capitoli denominati lingue. E’ una ecumenica comunità militare, le cui navi battono le rotte più impraticabili, spingendosi oltre il Bosforo fino al Mar Nero. Intralciano  l’azione dei corsari tunisini, ma praticano a loro volta con profitto la guerra di corsa, facendo bottino sulle rotte ottomane. Partecipano alle imprese navali più spettacolari della cristianità, quali la presa di Smirne, e i frequenti sbarchi sulle coste nordafricane.

Con l’unione matrimoniale (A.D. 1472) fra Zoè (Sofia) Paleologo, nipote di Costantino XI Paleologo, ultimo imperatore di Bisanzio e Ivan III Velichy (il Grande) Granduca di Russia, vari gruppi superstiti di altri Ordini di Cavalieri d’Oriente vengono assorbiti dalla Casa di Russia, come per esempio la leggendaria Militia Aurata Costantiniana, e comincia altresì ad organizzarsi un primo Priorato di Russia ortodosso di quei Cavalieri Joanniti accolti in passato dalla Casa di Mosca e Kiev, che già intorno al 1500 ca. assumerà forza e caratteristiche ben peculiari sotto l’Alto Protettorato (de facto) dello zar Ivan III il Grande, sino a Paolo I.

La sproporzione con le forze dell’impero ottomano è però enorme. Anche Rodi è destinata a cadere. Nel 1522 Solimano II attacca l’isola con settecento navi e un esercito di duecentomila uomini, più reparti minori e genieri addestrati alla scavo e alla demolizione. Lo sbarco è preceduto da un massiccio bombardamento navale. I cavalieri cristiani sono solo trecento, più alcune migliaia di militi reclutati tra la popolazione. Resistono sei mesi, fino a quando la gente di Rodi, esausta e decimata, implora il gran maestro Villiers de Isle-Adam di chiedere la pace.

I cavalieri ancora in vita e in grado di combattere non sono che poche decine. Ammirato di tanto valore, il sultano Solimano offre loro l’onore delle armi e la promessa che i rodioti non subiranno violenze. La popolazione, ciò nonostante, chiederà e otterrà di seguire gli ospitalieri sulle loro navi, che fanno vela verso Candia. Segue un periodo di pena ed incertezza per gli ospitalieri, che senza ricevere alcun aiuto dai sovrani d’Europa vagano tra Candia e la Sicilia, tra Civitavecchia e Marsiglia; altri ancora si uniranno ai confratelli russi ortodossi posti sotto la guida dello zar Basilio III.

Carlo V metterà a disposizione degli ospetalieri cattolici Malta,  chiedendo come compenso simbolico un falcone da caccia l’anno. L’isola è infatti ricca di tali volatili.  E’ il 1530. Sono passati otto anni dalla tragedia di Rodi quando gli ospitalieri s’insediano a Malta. Si trasferiscono con loro le famiglie superstiti della popolazione rodiota.

Con rapidità sorprendente, l’Ordine riprende il dominio del Mediterraneo, trasformando l’isola in una base inespugnabile. Resisterà al più spietato  assedio che la storia navale ricordi, quando nel 1565 turchi e barbareschi tenteranno di ripetere, con  cinquecento navi e cinquantamila uomini, l’impresa di Rodi. Basteranno a respingere gli assedianti non più di sei-settecento cavalieri dell’Ordine, appoggiati da una forza di novemila uomini armati, meno di un quinto degli attaccanti. Tramontarono definitivamente in quei giorni le illusioni mussulmane di trasformare Malta in una base per il controllo del Mediterraneo, dalla quale muovere per invadere la Sicilia e l’Europa. I cavalieri terranno Malta, dopo l’assedio, per oltre due secoli. Ma non saranno le armi dell’Islam a scacciarli dall’isola. Sarà Napoleone Bonaparte, per impossessarsi dei loro tesori, ad infrangere nel 1798 la secolare neutralità degli ospitalieri nei confronti di ogni nazione d’Europa. La repubblica francese, a quella data non riconosceva l’Ordine. Tutti i beni ospitalieri in Francia erano già confiscati e numerosi cavalieri uccisi nei massacri rivoluzionari. Napoleone giunge all’isola con una flotta che trasporta l’intero corpo d’armata destinato alla spedizione d’Egitto ed intima che Malta gli venga consegnata. Il gran maestro Ferdinand von Hompesch ordina una difesa simbolica, poi, dopo le prime cannonate la resa. Napoleone sbarca e depreda nel giro di poche ore le case dell’Ordine. La presa di Malta da parte di Napoleone rimane tra gli episodi meno chiari della storia dell’Ordine. Una difesa dell’isola sarebbe stata non solo possibile ma destinata probabilmente al successo. L’Ordine  aveva in mare due vascelli, una fregata e tre galere. Sugli spalti della terraferma erano allineate 1400 bocche da fuoco, tra cannoni e mortai di vario calibro. La guarnigione contava infine 332 cavalieri, 1200 armigeri del reggimento Malta e una milizia locale di 12.800 uomini, più i battaglioni da sbarco delle unità navali, 300 fanti sulle galee e 400 sui vascelli.

Era del tutto improbabile, a queste condizioni, che Napoleone avesse rapidamente la meglio, senza impegnarsi in un assedio prolungato che l’avrebbe distolto dall’impresa d’Egitto. Non si comprendono dunque le ragioni della resa, a meno di non volerle ricondurre all’imperativo ideale di evitare spargimento di sangue tra europei.

L’Ordine così frantumato nelle sue otto Lingue e nei vari Priorati, comincia dunque a disperdersi in ogni parte del mondo. Un ramo di esso da Trieste passa a Roma, riorganizzandosi nel noto S.M.O.M. Altri Cavalieri trovarono rifugio in Russia (1797-98) sotto la protezione dello zar Paolo I, 72° Gran Maestro dell’Ordine (carica che tenne sino alla sua uccisione, 1801).

Successivamente, dopo la rinuncia al Gran Magistero di Alessandro I, nel 1810, vennero a costituirsi nuove branche scismatiche di Priorati Russi.

Intanto, però, continuava a sopravvivere, mai perduta, quella branca anteriore del Malta Russo raccoltasi dapprima intorno al Granduca Ivan il Grande, Alto Protettore dei Cavalieri neri biancocrociati, e infine intorno a Paolo I di Russia.

Detto Ordine è stato formalmente rianimato e riorganizzato nei propri statuti dal legittimo rappresentante Capo di Nome e d’Arme della Imperial Sovereign Tiberian Dobrynian House of Rome and Russia, e rinominato: “Sovereign Order of Saint John of Jerusalem - Russians Knights of Malta - O.S.J.+R.M.” (“Sovrano Ordine di San Giovanni di Gerusalemme - Cavalieri Russi di Malta - O.S.J.+R.M.”).